Kode : K28-MS-09
Pemetaan interaksi protein merupakan sebuah langkah penting dalam
menghubungkan proteome dengan bahan kimia seluler. Interaksi protein yang
sering dipelajari ialah phaga dan yeast dengan sistem dua hybrid. Tipe khusus
phaga yang digunakan ialah kloning vector, satu berdasarkan
bakteriophage atau
berdasarkan filament bakteriophage diantaranya M13. Vektor dirancang sehingga
gen baru yang diklon kedalamnya diekspresikan, sebagai jalan untuk
menghasilkan protein yang berpadu dengan protein mantel phaga. Untuk
mempelajari interaksi protein ada banyak cara, namun salah satunya ialah dengan
tes protein yang ditampilkan dan mencari interaksi dengan sebuah rangkaian
pemurnian protein atau bagian protein yang telah diketahui fungsinya. Pendekatan
ini terbatas karena membutuhkan waktu lebih dalam tiap tes yang dilakukan.
Untuk mengetahui adanya interaksi protein pada yeast menggunakan
protein yang disebut activator yang bertanggungjawab dalam ekspresi gen pada
organism eukaryote. Untuk mencari tahunya activator harus berikatan dengan
upstream DNA sequencing dari sebuah gen, yang nantinya enzim RNA
polymerase akan meng-copy gen menjadi RNA. Yeast yang digunakan dalam
percobaan ini dari jenis Saccharomyces cerevisiae yang kekurangan sebuah
activator pada gen reporternya. Oleh sebab itu gen ini dinon-aktifkan. Sebuah gen
buatan yang mengkode ikatan DNA domain dari activator diligasikan kepada gen
untuk protein yang nantinya akan iditeraksikan. Protein ini tidak hanya berasal
dari yeast tetapi juga dari beberapa organism lain. Setelah pengenalan dengan
yeast, konstruksi ini mensintesis khusus dari perpaduan protein yang dibuat dari
ikatan DNA domain dengan activator yang disisipkan kepada protein manusia.
Akan tetapai recombinan yeast belum dapat diekspresikan karena activator
dibentuk hanya pada ikatan DNA,dan tidak mempengaruhi RNA polymerase.
Aktivasi terjadi setelah yeast membentuk kembali dengan konstruksi kedua.
Daftar Pustaka
Brown, T.A (2002) Speculation on the minimal genome content and the identity of
distinctiveness genes in Genomes, 2nd ed.,
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.glossary.9089#10133
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.7098#7114 diakses tgl
30 – 10 – 2008
Situs terkait
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6692
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6693